航空
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1932年，在东海县建设杨圩机场。次年，欧亚航空公司南京至北平沿海航线经停海州站。1959年，建设新海连机场，1961年试航后未正式通航[11]。
1955年，南京军区空军开始建设连云港白塔埠机场。1985年，机场开通民航班机，今连云港白塔埠机场位于东海县白塔埠镇西部，距市区29公里，距东海县城12公里。与香港、北京、上海、广州、成都、深圳、厦门、天津、沈阳、西安、海口、哈尔滨、江苏徐州、浙江舟山等15座城市有直达航班（截至2015年2月）。
2021年12月2日，新机场连云港花果山机场正式启用，同时连云港白塔埠机场同步关闭客运服务。
海运
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以连云主港区为中心，北侧赣榆、前三岛港区及南侧徐圩、灌河亦投入建设。目前拥有包括集装箱、散货、客滚、件杂货等在内的各类码头泊位35个，其中万吨级以上泊位30个；与160多个国家和地区之港口建有通航关系，辟有至欧洲、美洲、中东、东北亚、东南亚等集装箱和货运班轮航线40多条，并开通了至南朝鲜仁川、平泽两条大型客箱班轮航线。
铁路
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连云港站
连云港是中国大陆重要铁路干线之一陇海铁路铁路之东端起点，亦是新亚欧大陆桥之东方桥头堡：东起连云港港，向西沿陇海铁路、兰新铁路，至新疆霍尔果斯口岸出境，经中亚腹地，至欧州荷兰鹿特丹港。目前已开通固定车次的跨境集装箱班列，形成国际海陆联运体系。
作为规划的沿海铁路之组成部分，青盐铁路经过连云港境内，连接青岛和盐城。连淮扬镇铁路的连云港-淮安段已通车。
正在建设中有速度350km/h的徐连客运专线，并规划有连临铁路、宁连铁路等多条铁路。连云港市郊铁路（连云港-连云段）计划于2019年12月开通。[12]
公路
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中国国家高速公路网的三条主干线： 沈海高速（汾灌高速公路、连盐高速公路）、 长深高速（连临高速公路、宁连高速公路）和 连霍高速（连徐高速公路）在连云港市境内交汇成网，并与江苏高速公路 连云港北疏港高速、 连云港东疏港高速组成覆盖全市域的高速公路网。
国道干线公路网中，连云港至天水的 310国道、连云港至菏泽的 327国道和烟台至上海的 204国道在连云港交汇。 233国道过境。
省道干线公路主要有：东海山左口至淮阴的 236省道、赣榆黑林至灌云杨集的 242省道、连云港至徐州的 323省道、灌云燕尾港至睢宁的 324省道。另有一条纵贯苏北海岸滩涂地区的临海高等级公路正在建设中。
因历史形成的连云港市市区独特的一市双城格局，新海城区与东部城区（连云区）之间由新港城大道（即曾经的新[新浦]墟[墟沟]公路）连接，另有一条规划为城市中轴线的花果山大道与新港城大道于猴嘴相交。
城市交通
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连云港快速公交B1线使用的海格客车
连云港快速公交（BRT）
主条目：连云港公交线路列表和连云港快速公交
连云港城区较为分散，东部城区距新海城区约20公里。连接东西部城区的公交线路主要有：101、102、103、105、106。 2012年底开通的快速公交BRT已经逐步取代了原有的10X公交车。一号线由快速公交主线B1、环线H1和H2及配套支线（B11、B12、B13、B15）组成。整个系统长136.9公里，其中，主线为 34公里，环线为18公里，配套支线为84.9公里，它贯通了连云港城区的东西南北，并将之贯穿起来，连成一体，称之为“一主两环四支”的快速公交系统。连云港快速公交一号线从开建到通车仅用八个月的时间，是目前江苏省建设周期最短的一条快速公交线，也是继常州、盐城之后的江苏省第三条真正意义的快速公交线。目前BRT二号线也已经完成道路和站台等以及附属设施的建设，即将开通。
连云港市出租车有桑塔纳、桑塔纳志俊、红旗和捷达等。2009年的出租车运价为5元起步（含2公里），超出2公里后为1.6元/公里。2012年3月开始加收每次1元燃油附加费。